Das Spiel handelt von dem Eulenjungen Otus der zu einer humanoiden Eulenrasse gehört. Der Spieler kontrolliert Otus und kann die Welt hauptsächlich durch fliegen erkunden. Die Welt von Owlboy befindet sich in der Luft und ist von fliegenden Inseln umgeben. Eines Tages wird das Heimatdorf von Flugpiraten angegriffen wodurch sich Otus mit Hilfe seiner Freunde auf den Weg macht diese aufzuhalten und mehr über seine eigene Rasse zu erfahren.