Splatoon 3: Side Order ist ein Third-Person Roguelite. Ziel ist es, einen rund dreissig Geschoss hohen Turm zu erklimmen. Auf jedem Geschoss erwartet den Player eine Herausforderung in Form eines Levels, das mit verschiedenen Gegnern bestückt ist. Wie im Grundspiel schiesst der Player mit seiner eigenen Tinte auf die Ziele, während er sich selbst von der gegnerischen Tinte in Acht nehmen muss.

Die Tinten verteilen sich auf dem Boden. Während sich der Player in der eigenen Tinte schneller fortbewegen und die eigene Munition wieder auffüllen kann, zieht die gegnerische Tinte Gesundheit ab und ist beinahe unüberquerbar. Hierbei sei erwähnt, dass die Hauptfigur ein Hybridwesen zwischen Mensch und Tintenfisch ist und zwischen beiden Formen frei wechseln kann.

Nach jeder gewonnenen Herausforderung bekommt der Player neue Fähigkeiten oder Boni auf bereits bestehende. Sollte der Player sterben, muss er den Turm von Beginn an abermals bezwingen. Nach jedem Run können die eigenen Fähigkeiten jedoch mittels gewonnenen Punkten auf Dauer verbessert werden: Mit jedem Run kommt der Player also der Turmspitze näher.